Алексей Михайлович вступил на престол в 16 лет после смерти отца, Михаила Федоровича.
В 1649 году Земский собор принял Соборное уложение – новый свод законов, который действовал почти 200 лет. В Уложении регламентировались буквально все сферы государственной и общественной жизни, включая судебно-административные, социальные, экономические, военные, духовные и даже семейные отношения. Особое внимание отводилось охране «чести и здоровья государя», царской власти, представителей «государева двора» и церкви. Соборное уложение 1649 года ввело неограниченный срок сыска беглых крестьян. Многие крепостные бежали на Дон, откуда беглых не выдавали, и примыкали там к казачеству. Большинство законодательных норм Соборного уложения 1649 года способствовало консолидации дворянства в качестве главной опоры самодержавия.
В 1650-х годах патриарх Никон начал масштабную реформу: изменение русской обрядности по греческому образцу. Это привело к церковному расколу и появлению старообрядцев – противников реформ.
Просчёты в финансовой политике (выпуск медных денег, которые были приравнены к серебряным, что обесценило рубль) вызвали недовольство народа, переросшее в 1662 г. в «Медный бунт» в Москве. С 1667 по 1671 гг. продолжалось крестьянско-казацкое восстание под предводительством Степана Разина. Оно было поддержанное народными массами, находившимися в тяжелом экономическом положении под податным и административным гнётом.
Начавшаяся в 1648 году освободительная борьба украинского народа под руководством Богдана Хмельницкого против польских панов всколыхнула народные движения в Белоруссии и на Смоленщине. Созванный по этому случаю в Москве Земский собор 1653 года принял решение о принятии «гетмана Богдана Хмельницкого со всеми войсками запорожскими, со всеми городами и землями под высокую государеву руку» и воссоединении «украинных земель» с Россией. В 1654 году Переяславская рада запорожского войска единодушно высказалась за вхождение Украины в состав России. В 1667 году было подписано Андрусовское перемирие (так называемый вечный мир России с Польшей), в соответствии с которым к России отошли Смоленщина, Левобережная Украина и Киев. Белоруссия и Правобережная Украина оставались в составе Польши.
Любимым занятием Алексея Михайловича была охота, в особенности соколиная и псовая. Он содержал больше трехсот смотрителей за соколами.
Алексей Михайлович был дважды женат. В первом браке с Марией Милославской родились 13 детей, двое из которых – Федор и Иван впоследствии занимали престол. После смерти Марии Алексей Михайлович женился на 19–летней Наталье Нарышкиной. Она родила троих детей, среди которых был будущий император Петр I.